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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 31 | 13 | 15 | 3 | 21:8 | 13 | 54 |
| 2 |
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SC Paderborn 07 | 31 | 13 | 13 | 5 | 25:11 | 14 | 52 |
| 3 |
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Kickers Emden | 31 | 13 | 13 | 5 | 20:9 | 11 | 52 |
| 4 |
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SpVgg Unterhaching | 31 | 13 | 11 | 7 | 26:16 | 10 | 50 |
| 5 |
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SV Sandhausen | 31 | 11 | 13 | 7 | 19:15 | 4 | 46 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 31 | 12 | 8 | 11 | 23:16 | 7 | 44 |
| 7 |
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Eintracht Braunschweig | 31 | 11 | 11 | 9 | 19:16 | 3 | 44 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 31 | 9 | 15 | 7 | 20:15 | 5 | 42 |
| 9 |
|
Fortuna Düsseldorf | 31 | 9 | 14 | 8 | 16:14 | 2 | 41 |
| 10 |
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Bayern München II | 31 | 8 | 17 | 6 | 13:12 | 1 | 41 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 31 | 7 | 18 | 6 | 18:22 | -4 | 39 |
| 12 |
|
Kickers Offenbach | 31 | 8 | 14 | 9 | 11:12 | -1 | 38 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 31 | 7 | 15 | 9 | 15:18 | -3 | 36 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 31 | 6 | 15 | 10 | 15:18 | -3 | 33 |
| 15 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 31 | 6 | 14 | 11 | 9:21 | -12 | 32 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 31 | 4 | 18 | 9 | 17:23 | -6 | 30 |
| 17 |
|
Stuttgarter Kickers | 31 | 3 | 20 | 8 | 15:23 | -8 | 29 |
| 18 |
|
Wacker Burghausen | 31 | 5 | 14 | 12 | 12:20 | -8 | 29 |
| 19 |
|
Jahn Regensburg | 31 | 5 | 13 | 13 | 7:18 | -11 | 28 |
| 20 |
|
VfR Aalen | 31 | 3 | 17 | 11 | 10:24 | -14 | 26 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
