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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 31 | 15 | 14 | 2 | 31:10 | 21 | 59 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 31 | 17 | 8 | 6 | 28:12 | 16 | 59 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 31 | 12 | 13 | 6 | 26:16 | 10 | 49 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 31 | 12 | 12 | 7 | 28:18 | 10 | 48 |
| 5 |
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Bayern München II | 31 | 11 | 12 | 8 | 26:17 | 9 | 45 |
| 6 |
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Dynamo Dresden | 31 | 11 | 11 | 9 | 19:15 | 4 | 44 |
| 7 |
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Erzgebirge Aue | 31 | 10 | 12 | 9 | 21:17 | 4 | 42 |
| 8 |
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VfB Stuttgart II | 31 | 11 | 9 | 11 | 26:24 | 2 | 42 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 31 | 10 | 12 | 9 | 28:28 | 0 | 42 |
| 10 |
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Rot-Weiß Erfurt | 31 | 11 | 9 | 11 | 20:21 | -1 | 42 |
| 11 |
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SpVgg Unterhaching | 31 | 9 | 13 | 9 | 21:23 | -2 | 40 |
| 12 |
|
Jahn Regensburg | 31 | 9 | 13 | 9 | 21:24 | -3 | 40 |
| 13 |
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Eintracht Braunschweig | 31 | 8 | 13 | 10 | 15:19 | -4 | 37 |
| 14 |
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Kickers Emden | 31 | 8 | 12 | 11 | 18:24 | -6 | 36 |
| 15 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 31 | 8 | 11 | 12 | 21:26 | -5 | 35 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 31 | 6 | 16 | 9 | 15:22 | -7 | 34 |
| 17 |
|
VfR Aalen | 31 | 6 | 15 | 10 | 15:22 | -7 | 33 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 31 | 6 | 12 | 13 | 20:28 | -8 | 30 |
| 19 |
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Wacker Burghausen | 31 | 5 | 13 | 13 | 18:32 | -14 | 28 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 31 | 5 | 10 | 16 | 17:36 | -19 | 25 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
