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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Preußen Münster | 32 | 17 | 13 | 2 | 34:11 | 23 | 64 |
| 2 |
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VfL Osnabrück | 32 | 18 | 8 | 6 | 36:13 | 23 | 62 |
| 3 |
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Arminia Bielefeld | 32 | 16 | 11 | 5 | 28:13 | 15 | 59 |
| 4 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 32 | 15 | 10 | 7 | 31:23 | 8 | 55 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 32 | 12 | 16 | 4 | 34:11 | 23 | 52 |
| 6 |
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SpVgg Unterhaching | 32 | 12 | 11 | 9 | 28:23 | 5 | 47 |
| 7 |
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Wacker Burghausen | 32 | 12 | 11 | 9 | 20:19 | 1 | 47 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 32 | 10 | 15 | 7 | 27:23 | 4 | 45 |
| 9 |
|
Kickers Offenbach | 32 | 9 | 15 | 8 | 21:19 | 2 | 42 |
| 10 |
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1. FC Saarbrücken | 32 | 10 | 11 | 11 | 25:28 | -3 | 41 |
| 11 |
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VfB Stuttgart II | 32 | 10 | 9 | 13 | 18:19 | -1 | 39 |
| 12 |
|
Hallescher FC | 32 | 9 | 11 | 12 | 20:24 | -4 | 38 |
| 13 |
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Alemannia Aachen | 32 | 8 | 11 | 13 | 23:34 | -11 | 35 |
| 14 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 32 | 9 | 8 | 15 | 19:31 | -12 | 35 |
| 15 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 32 | 7 | 13 | 12 | 18:26 | -8 | 34 |
| 16 |
|
Stuttgarter Kickers | 32 | 7 | 11 | 14 | 15:23 | -8 | 32 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 32 | 4 | 18 | 10 | 9:18 | -9 | 30 |
| 18 |
|
Hansa Rostock | 32 | 5 | 14 | 13 | 10:27 | -17 | 29 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 32 | 5 | 12 | 15 | 13:28 | -15 | 27 |
| 20 |
|
Borussia Dortmund II | 32 | 5 | 12 | 15 | 15:31 | -16 | 27 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
