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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Preußen Münster | 16 | 10 | 6 | 0 | 34:12 | 22 | 36 |
| 2 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 16 | 11 | 3 | 2 | 33:19 | 14 | 36 |
| 3 |
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Karlsruher SC | 16 | 10 | 5 | 1 | 30:8 | 22 | 35 |
| 4 |
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Arminia Bielefeld | 16 | 10 | 5 | 1 | 27:9 | 18 | 35 |
| 5 |
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VfL Osnabrück | 15 | 10 | 3 | 2 | 27:12 | 15 | 33 |
| 6 |
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Chemnitzer FC | 16 | 10 | 2 | 4 | 26:17 | 9 | 32 |
| 7 |
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Wacker Burghausen | 16 | 8 | 5 | 3 | 23:14 | 9 | 29 |
| 8 |
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SV Wehen Wiesbaden | 16 | 7 | 6 | 3 | 21:16 | 5 | 27 |
| 9 |
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SpVgg Unterhaching | 17 | 8 | 3 | 6 | 29:28 | 1 | 27 |
| 10 |
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Kickers Offenbach | 16 | 7 | 3 | 6 | 22:19 | 3 | 24 |
| 11 |
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SV Babelsberg 03 | 16 | 6 | 6 | 4 | 14:13 | 1 | 24 |
| 12 |
|
Hansa Rostock | 16 | 6 | 4 | 6 | 13:16 | -3 | 22 |
| 13 |
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1. FC Saarbrücken | 16 | 5 | 6 | 5 | 29:23 | 6 | 21 |
| 14 |
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Hallescher FC | 16 | 5 | 6 | 5 | 17:17 | 0 | 21 |
| 15 |
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SV Darmstadt 98 | 16 | 5 | 6 | 5 | 13:14 | -1 | 21 |
| 16 |
|
Borussia Dortmund II | 16 | 4 | 8 | 4 | 15:18 | -3 | 20 |
| 17 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 16 | 5 | 5 | 6 | 22:26 | -4 | 20 |
| 18 |
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Stuttgarter Kickers | 17 | 4 | 5 | 8 | 15:17 | -2 | 17 |
| 19 |
|
VfB Stuttgart II | 15 | 5 | 2 | 8 | 11:18 | -7 | 17 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 16 | 4 | 4 | 8 | 19:30 | -11 | 16 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
