# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 29 15 11 3 21:8 13 56
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 29 15 8 6 21:10 11 53
3 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 29 13 10 6 24:15 9 49
4 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 29 11 13 5 16:6 10 46
5 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 29 10 12 7 14:10 4 42
6 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 29 10 10 9 17:13 4 40
7 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 29 9 13 7 13:9 4 40
8 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 29 10 9 10 14:13 1 39
9 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 29 8 14 7 11:12 -1 38
10 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 29 8 12 9 16:16 0 36
11 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 29 7 14 8 11:12 -1 35
12 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 29 8 11 10 16:18 -2 35
13 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 29 6 13 10 11:13 -2 31
14 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 29 7 10 12 16:22 -6 31
15 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 29 5 13 11 11:22 -11 28
16 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 29 4 15 10 8:17 -9 27
17 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 29 6 9 14 16:28 -12 27
18 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 29 5 11 13 10:22 -12 26
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.