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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 29 | 17 | 9 | 3 | 39:16 | 23 | 60 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 29 | 14 | 6 | 9 | 26:16 | 10 | 48 |
| 3 |
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FSV Frankfurt | 29 | 11 | 10 | 8 | 28:23 | 5 | 43 |
| 4 |
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FC St. Pauli | 29 | 10 | 12 | 7 | 27:22 | 5 | 42 |
| 5 |
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1. FC Köln | 29 | 9 | 14 | 6 | 22:17 | 5 | 41 |
| 6 |
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SC Paderborn 07 | 29 | 10 | 11 | 8 | 27:23 | 4 | 41 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 29 | 9 | 14 | 6 | 19:19 | 0 | 41 |
| 8 |
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MSV Duisburg | 29 | 10 | 11 | 8 | 21:22 | -1 | 41 |
| 9 |
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TSV 1860 München | 29 | 8 | 15 | 6 | 18:17 | 1 | 39 |
| 10 |
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1. FC Kaiserslautern | 29 | 8 | 14 | 7 | 21:17 | 4 | 38 |
| 11 |
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Erzgebirge Aue | 29 | 9 | 10 | 10 | 19:19 | 0 | 37 |
| 12 |
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VfL Bochum | 29 | 10 | 7 | 12 | 22:25 | -3 | 37 |
| 13 |
|
VfR Aalen | 29 | 9 | 9 | 11 | 19:21 | -2 | 36 |
| 14 |
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FC Ingolstadt 04 | 29 | 9 | 8 | 12 | 21:22 | -1 | 35 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 29 | 8 | 8 | 13 | 21:26 | -5 | 32 |
| 16 |
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SV Sandhausen | 29 | 6 | 10 | 13 | 19:31 | -12 | 28 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 29 | 4 | 13 | 12 | 12:23 | -11 | 25 |
| 18 |
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Jahn Regensburg | 29 | 5 | 9 | 15 | 16:38 | -22 | 24 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
