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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 31 | 16 | 11 | 4 | 22:9 | 13 | 59 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 31 | 16 | 9 | 6 | 22:10 | 12 | 57 |
| 3 |
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Hertha BSC | 31 | 12 | 14 | 5 | 17:6 | 11 | 50 |
| 4 |
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1. FC Union Berlin | 31 | 13 | 11 | 7 | 24:17 | 7 | 50 |
| 5 |
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1. FC Köln | 31 | 12 | 12 | 7 | 16:10 | 6 | 48 |
| 6 |
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FSV Frankfurt | 31 | 11 | 11 | 9 | 19:13 | 6 | 44 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 31 | 11 | 10 | 10 | 15:13 | 2 | 43 |
| 8 |
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VfR Aalen | 31 | 9 | 14 | 8 | 13:14 | -1 | 41 |
| 9 |
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TSV 1860 München | 31 | 9 | 13 | 9 | 13:12 | 1 | 40 |
| 10 |
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SC Paderborn 07 | 31 | 8 | 14 | 9 | 13:13 | 0 | 38 |
| 11 |
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Jahn Regensburg | 31 | 8 | 13 | 10 | 17:18 | -1 | 37 |
| 12 |
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Dynamo Dresden | 31 | 8 | 13 | 10 | 16:18 | -2 | 37 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 31 | 7 | 14 | 10 | 13:14 | -1 | 35 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 31 | 7 | 11 | 13 | 16:23 | -7 | 32 |
| 15 |
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VfL Bochum | 31 | 7 | 11 | 13 | 13:22 | -9 | 32 |
| 16 |
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MSV Duisburg | 31 | 5 | 14 | 12 | 11:23 | -12 | 29 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 31 | 6 | 10 | 15 | 16:29 | -13 | 28 |
| 18 |
|
FC St. Pauli | 31 | 4 | 15 | 12 | 8:20 | -12 | 27 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
