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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 15 | 11 | 4 | 0 | 27:9 | 18 | 37 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 15 | 10 | 4 | 1 | 27:12 | 15 | 34 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 16 | 9 | 4 | 3 | 25:13 | 12 | 31 |
| 4 |
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1. FC Köln | 16 | 8 | 7 | 1 | 24:13 | 11 | 31 |
| 5 |
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1. FC Kaiserslautern | 15 | 8 | 6 | 1 | 28:10 | 18 | 30 |
| 6 |
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FSV Frankfurt | 16 | 9 | 3 | 4 | 29:15 | 14 | 30 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 16 | 8 | 5 | 3 | 25:15 | 10 | 29 |
| 8 |
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FC St. Pauli | 16 | 7 | 5 | 4 | 27:21 | 6 | 26 |
| 9 |
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Erzgebirge Aue | 16 | 5 | 7 | 4 | 21:16 | 5 | 22 |
| 10 |
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Dynamo Dresden | 15 | 6 | 3 | 6 | 16:20 | -4 | 21 |
| 11 |
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VfR Aalen | 15 | 5 | 4 | 6 | 19:16 | 3 | 19 |
| 12 |
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MSV Duisburg | 15 | 5 | 4 | 6 | 19:24 | -5 | 19 |
| 13 |
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SC Paderborn 07 | 16 | 4 | 6 | 6 | 22:18 | 4 | 18 |
| 14 |
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TSV 1860 München | 15 | 4 | 6 | 5 | 15:13 | 2 | 18 |
| 15 |
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FC Ingolstadt 04 | 16 | 4 | 6 | 6 | 18:21 | -3 | 18 |
| 16 |
|
VfL Bochum | 15 | 4 | 4 | 7 | 21:22 | -1 | 16 |
| 17 |
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SV Sandhausen | 15 | 4 | 4 | 7 | 17:23 | -6 | 16 |
| 18 |
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Jahn Regensburg | 16 | 2 | 4 | 10 | 17:30 | -13 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
