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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 16 | 9 | 5 | 2 | 32:15 | 17 | 32 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 16 | 9 | 4 | 3 | 22:15 | 7 | 31 |
| 3 |
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TSV 1860 München | 16 | 6 | 7 | 3 | 18:16 | 2 | 25 |
| 4 |
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1. FC Kaiserslautern | 16 | 5 | 7 | 4 | 19:19 | 0 | 22 |
| 5 |
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FC Ingolstadt 04 | 15 | 5 | 6 | 4 | 16:16 | 0 | 21 |
| 6 |
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VfR Aalen | 16 | 5 | 6 | 5 | 16:19 | -3 | 21 |
| 7 |
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SC Paderborn 07 | 15 | 6 | 3 | 6 | 18:22 | -4 | 21 |
| 8 |
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FSV Frankfurt | 15 | 6 | 2 | 7 | 21:23 | -2 | 20 |
| 9 |
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1. FC Köln | 15 | 5 | 5 | 5 | 14:16 | -2 | 20 |
| 10 |
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MSV Duisburg | 16 | 5 | 5 | 6 | 14:21 | -7 | 20 |
| 11 |
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VfL Bochum | 16 | 5 | 4 | 7 | 15:25 | -10 | 19 |
| 12 |
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Energie Cottbus | 15 | 3 | 5 | 7 | 12:20 | -8 | 14 |
| 13 |
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1. FC Union Berlin | 15 | 2 | 6 | 7 | 21:31 | -10 | 12 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 15 | 3 | 3 | 9 | 15:26 | -11 | 12 |
| 15 |
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Dynamo Dresden | 16 | 1 | 7 | 8 | 14:24 | -10 | 10 |
| 16 |
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FC St. Pauli | 15 | 2 | 4 | 9 | 10:24 | -14 | 10 |
| 17 |
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Jahn Regensburg | 15 | 2 | 3 | 10 | 16:27 | -11 | 9 |
| 18 |
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SV Sandhausen | 16 | 1 | 4 | 11 | 18:38 | -20 | 7 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
