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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 24 | 12 | 7 | 5 | 19:12 | 7 | 43 |
| 2 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 24 | 12 | 5 | 7 | 22:15 | 7 | 41 |
| 3 |
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Karlsruher SC | 24 | 8 | 14 | 2 | 14:7 | 7 | 38 |
| 4 |
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Preußen Münster | 24 | 10 | 8 | 6 | 15:11 | 4 | 38 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden | 24 | 8 | 11 | 5 | 17:10 | 7 | 35 |
| 6 |
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SV Babelsberg 03 | 24 | 9 | 6 | 9 | 15:18 | -3 | 33 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 24 | 7 | 11 | 6 | 13:12 | 1 | 32 |
| 8 |
|
SV Darmstadt 98 | 24 | 7 | 11 | 6 | 9:10 | -1 | 32 |
| 9 |
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Hansa Rostock | 24 | 7 | 10 | 7 | 15:13 | 2 | 31 |
| 10 |
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Chemnitzer FC | 24 | 6 | 12 | 6 | 16:14 | 2 | 30 |
| 11 |
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VfB Stuttgart II | 24 | 6 | 12 | 6 | 12:13 | -1 | 30 |
| 12 |
|
VfL Osnabrück | 24 | 6 | 12 | 6 | 10:11 | -1 | 30 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 24 | 6 | 11 | 7 | 14:16 | -2 | 29 |
| 14 |
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1. FC Saarbrücken | 24 | 7 | 7 | 10 | 17:21 | -4 | 28 |
| 15 |
|
Borussia Dortmund II | 24 | 6 | 9 | 9 | 12:16 | -4 | 27 |
|
Wacker Burghausen | 24 | 6 | 9 | 9 | 12:16 | -4 | 27 | |
| 17 |
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Kickers Offenbach | 24 | 6 | 8 | 10 | 13:17 | -4 | 26 |
| 18 |
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Stuttgarter Kickers | 24 | 5 | 10 | 9 | 12:13 | -1 | 25 |
| 19 |
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Alemannia Aachen | 24 | 3 | 13 | 8 | 6:12 | -6 | 22 |
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Hallescher FC | 24 | 2 | 16 | 6 | 6:12 | -6 | 22 | |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
