# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 12 8 3 1 21:8 13 27
2 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 13 7 5 1 24:7 17 26
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 12 7 5 0 22:7 15 26
4 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 12 7 3 2 20:11 9 24
5 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 11 7 2 2 18:7 11 23
6 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 11 7 2 2 22:15 7 23
  Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 12 7 2 3 22:15 7 23
8 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 12 6 3 3 13:10 3 21
9 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 13 6 2 5 26:25 1 20
10 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 13 5 3 5 19:18 1 18
11 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 11 5 2 4 12:12 0 17
12 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 13 4 5 4 18:22 -4 17
13 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 13 4 4 5 14:12 2 16
14 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 11 4 4 3 13:12 1 16
15 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 11 5 0 6 10:14 -4 15
16 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 13 3 5 5 24:22 2 14
17 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 12 3 5 4 10:12 -2 14
18 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 12 3 4 5 14:19 -5 13
19 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 12 2 6 4 9:14 -5 12
20 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 11 2 4 5 11:16 -5 10
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.