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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 24 | 15 | 5 | 4 | 29:8 | 21 | 50 |
| 2 |
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Preußen Münster | 24 | 13 | 10 | 1 | 25:6 | 19 | 49 |
| 3 |
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Wacker Burghausen | 24 | 12 | 5 | 7 | 19:16 | 3 | 41 |
| 4 |
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Karlsruher SC | 24 | 10 | 10 | 4 | 28:9 | 19 | 40 |
| 5 |
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Arminia Bielefeld | 24 | 10 | 10 | 4 | 21:12 | 9 | 40 |
| 6 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 24 | 10 | 7 | 7 | 22:20 | 2 | 37 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 24 | 10 | 6 | 8 | 25:21 | 4 | 36 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 24 | 7 | 12 | 5 | 19:17 | 2 | 33 |
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Kickers Offenbach | 24 | 8 | 9 | 7 | 19:17 | 2 | 33 | |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 24 | 9 | 6 | 9 | 17:15 | 2 | 33 |
| 11 |
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Stuttgarter Kickers | 24 | 7 | 10 | 7 | 15:13 | 2 | 31 |
| 12 |
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Alemannia Aachen | 24 | 6 | 10 | 8 | 17:21 | -4 | 28 |
| 13 |
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Hallescher FC | 24 | 7 | 7 | 10 | 16:22 | -6 | 28 |
| 14 |
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1. FC Saarbrücken | 24 | 7 | 6 | 11 | 16:23 | -7 | 27 |
| 15 |
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Rot-Weiß Erfurt | 24 | 7 | 5 | 12 | 14:25 | -11 | 26 |
| 16 |
|
Hansa Rostock | 24 | 5 | 10 | 9 | 9:20 | -11 | 25 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 24 | 3 | 14 | 7 | 6:14 | -8 | 23 |
| 18 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 24 | 3 | 12 | 9 | 12:21 | -9 | 21 |
| 19 |
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Borussia Dortmund II | 24 | 4 | 7 | 13 | 12:27 | -15 | 19 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 24 | 2 | 9 | 13 | 10:24 | -14 | 15 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
