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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 28 | 16 | 9 | 3 | 38:16 | 22 | 57 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 28 | 14 | 5 | 9 | 25:15 | 10 | 47 |
| 3 |
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FSV Frankfurt | 28 | 11 | 9 | 8 | 28:23 | 5 | 42 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 28 | 9 | 14 | 5 | 19:17 | 2 | 41 |
| 5 |
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SC Paderborn 07 | 28 | 10 | 10 | 8 | 27:23 | 4 | 40 |
| 6 |
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MSV Duisburg | 28 | 10 | 10 | 8 | 21:22 | -1 | 40 |
| 7 |
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FC St. Pauli | 28 | 9 | 12 | 7 | 25:21 | 4 | 39 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 28 | 8 | 15 | 5 | 17:15 | 2 | 39 |
| 9 |
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1. FC Kaiserslautern | 28 | 8 | 14 | 6 | 21:16 | 5 | 38 |
| 10 |
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1. FC Köln | 28 | 8 | 14 | 6 | 21:17 | 4 | 38 |
| 11 |
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VfR Aalen | 28 | 9 | 9 | 10 | 19:20 | -1 | 36 |
| 12 |
|
FC Ingolstadt 04 | 28 | 9 | 8 | 11 | 21:21 | 0 | 35 |
| 13 |
|
Erzgebirge Aue | 28 | 8 | 10 | 10 | 18:19 | -1 | 34 |
| 14 |
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VfL Bochum | 28 | 9 | 7 | 12 | 20:25 | -5 | 34 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 28 | 8 | 7 | 13 | 21:26 | -5 | 31 |
| 16 |
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SV Sandhausen | 28 | 6 | 9 | 13 | 18:30 | -12 | 27 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 28 | 4 | 12 | 12 | 12:23 | -11 | 24 |
| 18 |
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Jahn Regensburg | 28 | 5 | 8 | 15 | 16:38 | -22 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
