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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 14 | 10 | 4 | 0 | 26:9 | 17 | 34 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 14 | 10 | 3 | 1 | 26:11 | 15 | 33 |
| 3 |
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1. FC Kaiserslautern | 14 | 7 | 6 | 1 | 25:10 | 15 | 27 |
| 4 |
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1. FC Union Berlin | 14 | 8 | 3 | 3 | 24:13 | 11 | 27 |
| 5 |
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1. FC Köln | 14 | 7 | 6 | 1 | 22:12 | 10 | 27 |
| 6 |
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FSV Frankfurt | 14 | 8 | 2 | 4 | 25:13 | 12 | 26 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 14 | 7 | 5 | 2 | 21:11 | 10 | 26 |
| 8 |
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FC St. Pauli | 14 | 6 | 5 | 3 | 22:17 | 5 | 23 |
| 9 |
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Erzgebirge Aue | 14 | 5 | 5 | 4 | 20:15 | 5 | 20 |
| 10 |
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TSV 1860 München | 14 | 4 | 6 | 4 | 14:11 | 3 | 18 |
| 11 |
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MSV Duisburg | 14 | 5 | 3 | 6 | 18:23 | -5 | 18 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 14 | 5 | 3 | 6 | 15:20 | -5 | 18 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 14 | 4 | 5 | 5 | 17:19 | -2 | 17 |
| 14 |
|
SC Paderborn 07 | 14 | 4 | 4 | 6 | 20:16 | 4 | 16 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 14 | 4 | 4 | 6 | 16:16 | 0 | 16 |
| 16 |
|
SV Sandhausen | 13 | 4 | 4 | 5 | 16:19 | -3 | 16 |
| 17 |
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VfL Bochum | 14 | 3 | 4 | 7 | 18:22 | -4 | 13 |
| 18 |
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Jahn Regensburg | 15 | 2 | 4 | 9 | 16:28 | -12 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
