1. Spieltag 03.08.2012 Erzgebirge Aue - FC St. Pauli 0:0
2. Spieltag 11.08.2012 FC St. Pauli - FC Ingolstadt 04 1:1
3. Spieltag 25.08.2012 Energie Cottbus - FC St. Pauli 2:0 gelbe Karte
4. Spieltag 01.09.2012 FC St. Pauli - SV Sandhausen 2:1
5. Spieltag 17.09.2012 1. FC Köln - FC St. Pauli 0:0
6. Spieltag 21.09.2012 FSV Frankfurt - FC St. Pauli 2:1 Tor
7. Spieltag 25.09.2012 FC St. Pauli - VfR Aalen 0:1 gelbe Karte
8. Spieltag 28.09.2012 Jahn Regensburg - FC St. Pauli 3:0
9. Spieltag 05.10.2012 FC St. Pauli - 1. FC Union Berlin 2:2 gelbe Karte
10. Spieltag 21.10.2012 SC Paderborn 07 - FC St. Pauli 1:1 Tor gelbe Karte
11. Spieltag 28.10.2012 FC St. Pauli - Dynamo Dresden 3:2 Tor
12. Spieltag 03.11.2012 TSV 1860 München - FC St. Pauli 0:2 Tor
13. Spieltag 12.11.2012 FC St. Pauli - VfL Bochum 1:1 Tor
14. Spieltag 19.11.2012 Hertha BSC - FC St. Pauli 1:0
15. Spieltag 25.11.2012 FC St. Pauli - MSV Duisburg 4:1 Tor gelbe Karte
17. Spieltag 01.12.2012 FC St. Pauli - 1. FC Kaiserslautern 1:0 Tor
18. Spieltag 09.12.2012 FC St. Pauli - Erzgebirge Aue 0:3
19. Spieltag 15.12.2012 FC Ingolstadt 04 - FC St. Pauli 0:0 gelbe Karte
20. Spieltag 03.02.2013 FC St. Pauli - Energie Cottbus 0:0
21. Spieltag 10.02.2013 SV Sandhausen - FC St. Pauli 4:1
22. Spieltag 18.02.2013 FC St. Pauli - 1. FC Köln 0:1 gelbe Karte
23. Spieltag 22.02.2013 FC St. Pauli - FSV Frankfurt 3:0 TorTorTor
24. Spieltag 03.03.2013 VfR Aalen - FC St. Pauli 0:1 Tor
25. Spieltag 08.03.2013 FC St. Pauli - Jahn Regensburg 3:2 Tor rote Karte
28. Spieltag 06.04.2013 Dynamo Dresden - FC St. Pauli 3:2 Tor
29. Spieltag 13.04.2013 FC St. Pauli - TSV 1860 München 3:1 Tor
30. Spieltag 19.04.2013 VfL Bochum - FC St. Pauli 3:0 gelbe Karte
31. Spieltag 28.04.2013 FC St. Pauli - Hertha BSC 2:3 Tor
32. Spieltag 05.05.2013 MSV Duisburg - FC St. Pauli 0:0
33. Spieltag 12.05.2013 FC St. Pauli - Eintracht Braunschweig 5:1 TorTor
34. Spieltag 19.05.2013 1. FC Kaiserslautern - FC St. Pauli 1:2 Tor